Suurte herbitsiidikoguste kasutamise juures on alati oht, et kemikaal mõjub toksiliselt ka kultuurtaimele. Selleks on loodud spetsiaalsed kaitsetooted (kemikaal, mis vähendab herbitsiidide toksilisust kultuurtaime suhtes), mille toimemehanismiks on kiirendada herbitsiidi lagunemisprotsessi, et taim töötleks toksiini kiiremini ja selle kahjulik toime ei jõuaks seega mõjuda. Selle toote kasutamisega saab oma põllu herbitsiidi kahjustuste vastu kindlustada. Tavaliselt mõjuvad herbitsiidid viljale toksiliselt siis, kui põld on stressitingimustes, kuid alati on mõttekas olukordi ennetada.

Kaitseühendid aitavad taimi, mille geneetiline ülesehitus on sarnane nt nisule, maisile, sorgole, kuna need sisaldavad ensüüme nagu glutatioon-S-transferaas, mida umbrohtudes ei ole. See ensüüm aitab taimel herbitsiide kiiremini lagundama hakata ning kaitseühendid on protsessi käivitavaks jõuks. Erandiks on glüfosaat (RoundUp), kuna seda taim ei lagunda ja kaitseühendite toime ei päase esile. Sel põhjusel loodigi herbitsiidiresistentsusega ning glüfosaati taluvad GMO taimed (raps, mais jt).

Paljud ettevõtted ei kasuta oma toodetes kaitseühendeid ning väidavad, et nende herbitsiidid on täiesti ohutud. Peamine on teada, et taim suudab tavaliselt ise herbitsiidi lagundada, kuid stressitingimustes võivad herbitsiididele lisatud kaitseühendid mürkide lagunemist kiirendada ning seeläbi taimedele piisavat kaitset pakkuda.