Kuuekümne aasta vanuse instituudi töötajaskonda hoiab juba mõnda aega teadmatuses Põllumajandusministeeriumi soov liita instituut Põllumajandusuuringute Keskusega.

2006. aastal on põllumajandusministeeriumis mitu korda arutatud EMVI liitmist Põllumajandusuuringute Keskusega. Liitumise põhjenduseks on ministeerium esitanud instituudile rakendusuuringuteks eraldatava raha tulemuslikuma kasutamise.

Liitumisest ei taha aga kumbki liidetav osapool, ei EMVI ega Põllumajandusuuringute Keskus midagi kuulda. Põhjendus on EMVI direktori Arvi Kallase sõnul lihtne - Maaviljeluse Instituut on teadusasutus, Põllumajandus-uuringute Keskuses tehakse põhiliselt vaid mitmesuguseid analüüse.

Rahastamine suurenegu
Kallas räägib, et instituuti on püütud lagundada juba aastaid: 2002 võeti neilt Kuusiku ning Olustvere katsejaam, keemia kesklabor ning Sakus asuv laborihoone. Tekkis olukord, kus instituut pidi laboriuuringuid raha eest tellima Põllumajandusuuringute Keskusest, ise muututi Kallase sõnul „laua taga istuvateks teadlasteks", mis põllumajanduse rakendusuuringute puhul on enam kui kummaline teaduse tegemise viis.

Kallase arvates ei oleks põllumajandusuuringute edasiviivaks mootoriks kahe asutuse liitmine, vaid rahastamise suurendamine. Riiklikus põllumajanduslike rakendusuuringute ning arendustegevuse finantseerimise 2004.-2008. a programmis on kirjas, et toetussumma, mis 2004 oli 20,5 miljonit krooni, peaks 2008. aastaks kahekordistuma. 2006. aastaks pole summa muutunud, finantseering on püsinud samal tasemel.