Sagedasemad  köögivilja säilitushaigused on hahkhallitus, valgemädanik, porgandi-mustmädanik  ja  märg- ehk baktermädanik.

Hahkhallitus (Botrytis spp)
kahjustab  eeskätt  kapsast,  porgandit  ja  sibulat.  Haigestunud  kapsapeadele  ja  porganditele  tekivad  vesised,  kiiresti  suurenevad  mädanikulaigud,  mis  kattuvad  halli  koheva  ja  tolmava  hallituskorraga.  Hiljem  tekib  hallitusel  palju  väikesi  (1-5 mm)  mustjashalle  seenemügaraid.  Nakatunud  kapsad  ja  porgandid  mädanevad  märgmädaniku-tüübiliselt.  Peedil  ja  kaalikal  areneb  hahkhallitus  kuivema  mädanikuvormina.
Nakkus  saab  alguse  juba  kasvuperioodil  või  koristusel.  Haigusele  on  vastvõtlikud  märjal  raskel  mullal  kasvanud  või  lämmastikuga  üleväetatud  köögiviljad. Hoidlas  haigestuvad  esmalt  mehaaniliste-  ja  kahjurivigastustega  või  vihmaga  koristatud  köögiviljad.  Kergesti  haigestuvad  rohelistest  kattelehtedest  vabastatud  kapsapead  ja  koristuse  järel  või  hoiuruumis  närbunud  porgandid.
 Sibulal  ilmneb  hahkhallituse  kahjustus  tavaliselt  poolteist  kuud  pärast  säilima  panekut.  Esialgu  pehmeneb  sibula  kaelaosa, kuid  haigus  võib  alata  ka  sibula  küljelt,  samuti  kannalt (kontaktnakkuse  korral).  Pehmenenud  nakkuskohad  vajuvad  veidi  sisse  ja  muutuvad  kollakasroosakaks.  Sibula  sisemised  soomused  on  hallikaspruunid  ja  klaasjad.  Sibul  näeb  välja  nagu  keedetud.  Soomuste  vahel  ja  sibula  pinnal  moodustub  hall  tolmav  hallituskirme.  Sibulad  mumifitseeruvad  või  mädanevad.  Halbades  säilitusoludes  võib  hävida  50%  sibulatest.  Hahkhallitus  areneb  jõudsalt  soojas  ja  niiskes  hoiuruumis.  Kergesti  nakatuvad  puudulikult  kuivatatud  sibulad.

Valgemädanik (Whetzelinia sclerotiorum)
Kapsale,  porgandile  ja  peedile  tekivad  pehmed,  limased  või  märjad  laigud.  Peagi  kattuvad  haiguslaigud  valge  vatitaolise  seeneniidistikuga,  millel  algul  tekivad  läikivate  vedelikutilgakestega  helehallid,  hiljem  aga  0,5–2 cm  suurused  mustad  seenemügarad.  Haigestunud  kapsapead  ja  porgandid  muutuvad  pehmeks  pudrutaoliseks  massiks.  Valgemädanik  levib  hoiuruumis  kõrge  õhuniiskuse  korral  ja  seda  kiiremini, mida  kõrgem  on  temperatuur.  Nakkus  kandub  edasi  tervete  köögiviljade  kokkupuutel  haigetega.
Nakatumine  toimub  juba  põllul,  eriti vihmaga  koristamisel.  Porgandi  nakatumise  põhjuseks  on  sageli  saastunud  või  raske  lõimisega  kasvumuld.  Kõik  köögiviljad  muutuvad  haigusõrnaks  lämmastikuliia  ja  üheaegse  kaaliumivaeguse  korral.  Porgand  haigestub  kergemini  valgemädanikku,  kui  juurikad  koristuse  järel  või  hoiuruumis  närbuvad.

Porgandi-mustmädanik (Alternaria radicina)
Juurika  külgedel  või  peaosal  tekivad  hallikasmustad,  kergelt  sissevajunud  laigud.  Need süvenevad  järk-järgult.  Porgand  on  mõru.  Haiguslaikudel  on  juurika  kude  kõva  ja  kuiv,  läbilõikes  süsimust.  Porgandid  kõdunevad  aeglaselt,  jäädes  seejuures  kõvaks.  Nakatumine  toimub  enamasti  juba  kasvuperioodil,  eriti  soojal  ja  niiskel  ajal.  Säilitamisel  kandub  mustmädanik  edasi  ainult  niiskes  ja  üheaegselt  soojas  hoiuruumis.  Soojas  ja  niiskes  õhus  moodustub  haiguslaikudel  seene  rohekashall  või  mustjas  eoskirme.

Märg-  ehk  baktermädanik  porgandil (Ervinia  carotovora)
Haige  taimekude  on  vesine  ja  tervest  koeosast  teravalt  piiristunud.  Soojas  hoiuruumis  areneb  haigus  kiiresti  ja  haarab  kogu  juurika,  mis muutub pudrutaoliseks  haisvaks  massiks.  Nakatumine  baktermädanikku  võib  toimuda  juba  põllul.  Sel  juhul  algab  mädanemine  porgandi  alumisest  otsast.  Haigusetekitaja  tungib  porgandisse  mehaaniliste  või  kahjurite (porgandikärbes jt)  tekitatud  vigastuste  kaudu.  Hoidlas  kandub  märgmädanik  edasi  mädanevate  juurikate  kokkupuutel  tervetega.

Säilitushaiguste  profülaktiline  tõrje
1. Säilitamiseks  mõeldud  köögivilja  tasakaalustatud  väetamine,  andes  küllaldase  koguse  kaalium-  ja  fosforväetisi  ning  mikroelemente.  Eriti  oluline  on  säilitusköögivilja  küllaldane  kaltsiumisisaldus - siis  ei  suuda  patogeensed  seened  nii  kergesti  taime  tungida.  Vältida  tuleb  lämmastikuliiga.
2. Koristamine  kuiva  ilmaga  ja  optimaalsel  ajal – täiskasvanuna  (liiga  vara,  kui  õhu  t°  on  veel  kôrge,  koristatud  köögivili  kaotab  elutegevuseks palju  toitaineid  ja  haigestub  kergesti). Sibul  koristatakse  pealsete  kolletumisel  ja  sibulate  kuivsoomuste  värvumisel.
3. Vigastuste  vältimine  koristusel  ja  transpordil.
4. Hoolikas sorteerimine  enne  säilitusruumi  paigutamist - kahjustatud  ja  mehaaniliselt  vigastatud  köögivilja  eraldamine  esmaseks  kasutamiseks.
5. Sibulate  hoolikas  kuivatamine  kohe  pärast  koristamist:  algul  tõmbetuulega  varjualuses  ja  hiljem  pärast  pealsete  eemaldamist  termiline  järelkuivatamine  hea  õhustusega  köetavas  ruumis,  tõstes  temperatuuri  10  päeva  jooksul  järk-järgult  +35°  kuni  +40° C.
6. Hoiuruumide  hoolikas  ja  õigeaegne  ettevalmistus  köögivilja  säilitamiseks – taimejäätmetest,  prahist  ja  mullast  puhastamine  juba  kevad-suvel, desinfitseerimine  ja  tuulutamine. Desinfitseeritakse  ka  kasutatav  taara  ja  inventar.
7. Ettenähtud  hoiurežiimi  jälgimiseks  ja  reguleerimiseks  hoiuruumide  varustamine  temperatuuri-  ja  niiskusemõõtjaga.
8. Nakatumist  seenhaigustesse (mitte  baktermädanikku)  vähendab  köögivilja  tolmutamine  kriidipulbriga – kapsas 1-1,5 kg/100 kg,  porgand,  kaalikas,  kartul  1,5-2 kg/100 kg (kasutatud  on  ka  puutuhka,  mis  peletab ka  hiiri  ja  rotte).
9. Väikeste  porgandikoguste  hoiustamine  kastides 2–3 cm  paksuse  liivakihi,  peenestatud  kuuseokste,  saepuru  või  freesturbaga  kihitatult.  Liiv  peab  olema  puhas  (varem  kasutamata ) ja  veidi  niiske. Lisada  võib  veidi  kriidipulbrit  või  puutuhka.  Ka  freesturvas  ja  saepuru  peab  kuivas  hoiuruumis  olema  parasniiske. Liiva  kulub  100  kg  porgandite  kohta  200   kg.  Jahedas  ja  kuivas  hoiuruumis  säilib  porgand  hästi  avatud  kilekotis  (porgandite  vahele  pannakse  sibulakoori  või  küüslauku).
10. Optimaalse  säilitusrežiimi  tagamine  vastavalt  köögivilja  liigile:
  kapsas 0° kuni +1°, õhuniiskus  70–75%;
  porgand +0,5° kuni  +3°,  õhuniiskus  85–90%;
  peet, kaalikas 0° kuni +2°,  õhuniiskus  90–95%;
  sibul, küüslauk 0° kuni +3°,  õhuniiskus 65–70%.